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个性化条目:分子分型分析_cms
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======分子分型分析(CMS)===== ====分析背景==== 分子分型(Molecular Classification)是一种通过对样本或患者中的分子特征进行分析和分类的方法。该方法利用分子生物学和生物信息学技术,以及大规模高通量测序、基因组学、转录组学、蛋白质组学等数据,将样本或患者分成不同的亚群。利用CMScaller软件,根据每个纳入样本的基因表达谱,计算该样本的CMS归类。CMScaller是微环境非依赖性结直肠癌共识分子分型软件,该软件提供结直肠癌临床前模型的共识分子亚型(CMS)分类,还包括一个用于评估和可视化结果的小函数集合。核心算法是Yujin Hoshida [Hoshida 2010]提出的最接近模板预测(NTP)算法。 ====代码==== CMScaller https://github.com/Lothelab/CMScaller <code> new <- read.table("~/Desktop/gene_fpkm.xls",header=T, sep='\t', quote='', row.names = 1) res <- CMScaller(new, RNAseq=TRUE, doPlot=TRUE, rowNames="ensg") #添加本部转化id emat <- replaceGeneId(new, id.in="ensg", id.out="entrez") cam <- CMSgsa(emat=emat, class=res$prediction, RNAseq=TRUE) deg <- subDEG(emat=emat, class=res$prediction, doVoom=TRUE) subVolcano(deg) </code>
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个性化条目/分子分型分析_cms.txt
· 最后更改: 2024/03/13 01:57 由
fengjie
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