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/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhanghailei/script/maSigPro <code> library(maSigPro) #data(data.abiotic) #data(edesign.abiotic) edesign.abiotic <- read.table(file="co1n.txt",header=TRUE,sep="\t",row.names= 1) data.abiotic <- read.table(file="fpkm.txt",header=TRUE,sep="\t",row.names= 1) ########################## design <- make.design.matrix(edesign.abiotic, degree = 2) ########cha yi fen xi ####### fit <- p.vector(data.abiotic, design, Q = 0.05, MT.adjust = "BH") ########## tstep <- T.fit(fit, step.method = "backward", alfa = 0.05) ####################### sigs <- get.siggenes(tstep, rsq = 0.6, vars = "groups") # design$groups.vector p <- see.genes(sigs$sig.genes$Control, show.fit = T, dis =design$dis, cluster.method="hclust" ,cluster.data = 1, k = 9) #pdf('maSigPro.pdf') #p #dev.off() for (i in 1:length(p$cut)){ fname <- paste('subcluster_', p$cut[[i]], sep='') write.table(p$cut[i], file=fname, quote=F, sep='\t', col.names=F,append=T) } </code>
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· 最后更改: 2023/03/16 07:53 由
fengjie
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