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====COG富集==== COG注释参考[[:cog注释|COG注释]] cog数据库位置:/TJPROJ2/GB/PUBLIC/database/GB_TR/mRNA/noref/cog 使用/TJPROJ7/GB_TR/PUBLIC/source/ncRNA/gb_tr_man_pipline/bin/DisGeNET脚本 使用方法 <code> /TJPROJ7/GB_TR/PUBLIC/source/ncRNA/gb_tr_man_pipline/bin/DisGeNET --disgenet /TJPROJ13/GB_TR/reference_data/Animal/Homo_sapiens/Homo_sapiens_Ensemble_94/Homo_sapiens_Ensemble_94_disgenet.txt --diffgene /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202302/X101SC22113551-Z01-F001_reanalysis/test/Differential/1.deglist/IFvsMF/IFvsMF_deg_all.xls --diffresult /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202302/X101SC22113551-Z01-F001_reanalysis/test/Differential/1.deglist/IFvsMF/IFvsMF_deg.xls --enrich normal --prefix /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202302/X101SC22113551-Z01-F001_reanalysis/test/Enrichment/5.DisGeNET/IFvsMF/ALL/IFvsMF.all </code> 需要整理COG的注释文件格式如下 |gene_id|entrez_id|gene_name|disease_id|disease_name| |ENSG00000121410|1|A1BG|C0001418|Adenocarcinoma| 第一列是gene_id,第二列不用,第三列是COG注释的序列name;第四列是COGid;第5列是COGidterm的description
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· 最后更改: 2023/03/28 07:27 由
fengjie
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