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个性化条目:lncrna_rfam家族分析
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===== lncRNA rfam家族分析 ===== lncRNA可能是一些sRNA前体，使用软件infernal 1.02中cmsearch工具已经rfamscan可以对lncRNA进行家族分析，可以得到部分lncRNA可能的rfam家族分类信息。\\ 脚本路径：/PUBLIC/source/RNA/lncRNA/shouhou/rfam_scan.py \\ **使用方法**： <code> usage: rfam_scan.py [-h] --file FILE [--rfam RFAM] [--cm CM] [--bt BT] [--t T] --out OUT [--debug] some element of the scan optional arguments: -h, --help show this help message and exit --file FILE the file to do rfam_scan,required as fasts format --rfam RFAM the rfam data to blast --cm CM the cm data to be used --bt BT specify blast evalue cutoff --t T specify cutoff in bits --out OUT outdir of the result --debug </code> infernal 软件路径：/PUBLIC/software/RNA/INFERNAL/bin/ ，可以加入环境变量直接使用 \\ rfamscan 脚本路径：/PUBLIC/source/RNA/lncRNA/shouhou/rfam_scan.pl \\ **使用方法，按要求填好参数后，运行脚本后，第一步rfam.scan 步骤会自动投递。当所有blast运行完毕后，本地运行arrange.sh进行结果整理。**\\
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个性化条目/lncrna_rfam家族分析.txt
· 最后更改: 2023/03/29 10:35 由
fengjie
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