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======SNP 构树====== http://39.106.215.109/dokuwiki2/doku.php?id=售后:snp_构树\\ **1 参考文献** {{ :售后:snp构树.pdf |}} \\ **2.分析内容** {{:售后:pasted:zhangcuijie_20180716142107.png}} \\ {{:售后:pasted:zhangcuijie_20180711143400.png}} =====方法===== 根据重测序脚本修改:筛选每个样品的reads 支持reads>6,单突变位点,利用兼并位点转化snp 为碱基序列,然后生成一致性序列,treebest 构树 \ =====脚本===== <code> python /TJPROJ6/BJPROJ/RNA_SH/BJPROJ/RNA/shouhou/script_dir/others/SNP/snp.py --vcf vcf 文件 --prefix snp 结果前缀 --group sample与组名,顺序需要与snp 的表头一致 </code> =====结果===== {{:售后:pasted:zhangcuijie_20190103152522.png}}
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· 最后更改: 2024/12/25 09:12 由
fengjie
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