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个性化测试

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=====个性化测试记录=====
^WikiPathways|[[WikiPathways测试记录|WikiPathways测试记录]]|富集类|可以分析|
^CICERO|[[CICERO测试记录]]|融合基因|无法分析|
^Mutect2|[[Mutect2测试记录]]|snv indel|可以分析|
^VEP|[[VEP测试记录]]|snp indel注释|可以分析|
^fusioncatcher|[[fusioncatcher测试记录]]|融合基因|可以分析|
^RNAIndel|[[RNAIndel测试记录]]|indel|无法分析|
^AntiSmash|[[AntiSmash测试记录]]|次级代谢注释|可以分析|
^mMCP_counter|[[mMCP_counter测试记录]]|小鼠免疫细胞丰度|可以分析|
^RNA-SeQC|[[RNA-SeQC测试记录]]|QC软件提供报告|可以分析|
^TCR|[[TCR测试记录]]|RNA-seq 数据的 TCR 分析|可以分析|
^small靶基因预测|[[small靶基因测试记录]]|targetscan、miRmap、microT、PicTar|部分可以分析（测试为动物）|
^FerrDb数据库|[[FerrDb数据库]]|注释类数据库|可做，限于人，根据gene name或者hgncid添加|
^根据表达量进行免疫细胞丰度分析|[[免疫相关分析]]|quanTIseq、EPIC、ImmuCellAI、TIMER、Xcell、MCPcounter、cibersort、estimate|针对人，部分可适用于小鼠|
^bigWigMerge合并bigwig文件|[[bigWigMerge合并bigwig文件]]|文件整理|可以分析|
^ssGSEA&GSVA|[[ssGSEA&GSVA]]|ssGSEA和GSVA分析|可以分析|
^regtools|[[regtools]]|AS分析|可以分析|
^GO曲线连接图|[[曲线连接图]]|曲线连接图绘制|可以分析|
^ppi网络图|[[ppi网络图]]|网络图绘制|可以分析|
^MAnorm|[[chip差异分析]]|差异分析|可以分析|
^RRHO|[[RRHO、RRHO2利用超几何分布迭代找到最佳overlapping基因组合]]|基于差异总表分析|可以分析|
^Oncofuse|[[Oncofuse]]|融合基因致癌潜能预测|可以分析|
^enrichmentNetwork|[[enrichmentNetwork]]|富集网络图|可以分析|
^mds|[[mds]]|多维尺度分析（Multidimensional scaling，MDS）|可以分析|
^多个比较组合火山图|[[火山图]]|多个比较组合火山图|可以分析|
^染色体上Reads分布图|[[条形图]]|染色体上Reads分布图|可以分析|
^富集圈图|[[富集圈图]]|富集圈图|可以分析|
^富集结果桑基图|[[桑基图]]|桑基图|可以分析|
^CIRCexplorer2软件鉴定circRNA|[[CIRCexplorer2]]|circRNA鉴定|可以分析|冯洁|
^Random_Forest随机森林|[[Random_Forest]]|随机森林|可以分析|冯洁
^humann2_rna_dna_norm|[[humann2_rna_dna_norm]]|humann2_rna_dna_norm|可以分析|冯洁
^基地坐标直方图/玫瑰图| [[matplot]]|matplot|可以分析|冯洁|
^加性分析| [[加性分析]]|加性分析|可以分析|冯洁|
^miRNAcluster鉴定| [[ShortStack]]|ShortStack|可以分析|冯洁|
^pfam富集分析| [[pfam_enrich]]|pfam_enrich|可以分析|冯洁|
^转录因子富集分析|[[tf_enrich]]|转录因子富集分析|可以分析|冯洁|
^WTS_ce联合分析网络图修改节点形状|[[WTS_ce_igraph]]|WTS_ce联合分析网络图修改节点形状|可以分析|冯洁|
^选择性多聚腺苷酸化分析_APAtrap|[[选择性多聚腺苷酸化(APA)分析_-APAtrap]]|选择性多聚腺苷酸化(APA)分析_-APAtrap|可以|冯洁|
^病毒小RNA识别_vsRNAfinder|[[vsRNAfinder]]|识别病毒sRNA|可以|冯洁|
^等位基因表达特异性_SNPsplit|[[SNPsplit]]|等位基因表达特异性分析|可以|冯洁|
^miRNA鉴定_sRNAminer|[[sRNAminer]]|miRNA的鉴定与定量|可以分析|徐毅|
^融合基因鉴定_Arriba|[[Arriba]]|融合基因鉴定|可以分析|徐毅|
^SNPsplit_等位基因表达流程|[[SNPspilt]]|鉴定子代中特性表达的等位基因|可以分析|郑刘长|
^MSLCN_lncRNA与mRNA的鉴定|[[MSLCN]]|鉴定lncRNA靶标RNA|可以分析|郑刘长|

编辑摘要

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个性化测试.txt · 最后更改: 2024/10/12 14:47 由 zhengliuchang