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使用deeptools将bam转成bw文件
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====使用deeptools将bam转成bw文件==== deeptools工具，可以将bam文件转化bw文件，主要有两个命令bamCoverag和bamCompare，两者的区别在于bamCoverage是对单个bam文件进行转换，而bamCompare接受两个bam文件，生成两者信号比值的bw文件。 /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCoverage /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCompare 我们chip项目遇到绘图时input样本信号比ip样本高的情况，可能是生成bw的软件导致的，这时可以使用deeptools重新生成bw文件。转录组的bam也可以直接转化成bw。 /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCoverage --bam a.bam -o a.bw --binSize 50 --normalizeUsing RPKM 区分正负链 /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCoverage --bam a.bam -o a.forward.bw --binSize 50 --normalizeUsing RPKM --filterRNAstrand forward /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/python_3.7.0/bin/bamCoverage --bam a.bam -o a.reverse.bw --binSize 50 --normalizeUsing RPKM --filterRNAstrand reverse
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使用deeptools将bam转成bw文件.txt
· 最后更改: 2024/07/12 06:45 由
zhangxin
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