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参考基因组中toplevel_sm_rm_的区别
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=====参考基因组中toplevel sm rm 的区别===== dna - unmasked genomic DNA sequences. dna_rm - masked genomic DNA. Interspersed repeats and low complexity regions are detected with the RepeatMasker tool and masked by replacing repeats with 'N's. dna_sm' - soft-masked genomic DNA. All repeats and low complexity regions have been replaced with lowercased versions of their nucleic base 简单来说,toplevel为原始测序得到的序列,其中含N碱基,是测序时,没有测清楚导致的; rm版本,则是使用N碱基标记了一些简单的重复序列; sm版本,则是使用小写子母标记一些简单的重复序列; 所以,使用rm版本可能会丢失一些碱基信息,但是多比对的情况可能会有所下降(没有测试过,猜测)。
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参考基因组中toplevel_sm_rm_的区别.txt
· 最后更改: 2023/12/28 03:38 由
zhangxin
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