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====== qiime2新流程剔除物种-基于现有结果 ======
从cleandata开始分析，ASV的顺序会重新排列，导致结果发生改变，本脚本是基于特征表，代表序列和物种注释信息完成剔除物种
===== 剔除物种思路 =====
{{ :20230705141907.png?600 |}}

===== 使用前操作 =====

仍然需要配置project.txt，正常打印脚本，但是并不使用cleandata数据，仅仅是为了打印脚本

===== 使用方法 =====
<code>

/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/script/qiime2-newpipline-delspecies/del-species20230424.py \
 --featuretable /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23030591-Z01-qiime2-newpipline/X101SC23030591-Z01-F001/deltest2/featureAnalysis/1.cluster_or_denoise/raw_featureTable.txt \
 --repseq /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23030591-Z01-qiime2-newpipline/X101SC23030591-Z01-F001/deltest2/featureAnalysis/1.cluster_or_denoise/raw_feature.fasta \
 --taxonomy /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23030591-Z01-qiime2-newpipline/X101SC23030591-Z01-F001/deltest2/featureAnalysis/2_2.assignTaxonomy/seq_taxonomy_qza/raw_taxonomy.tsv \
 --deltax deltax.txt

#usage:
#
#正常打印脚本之后,运行该脚本
#
#--featuretable		输入特征表	绝对路径相对路径都可以
#--repseq		输入代表序列
#--taxonomy		输入物种注释信息

#--delasv delasv.txt	如果剔除的是ASV
#--deltax deltax.txt	如果是剔除的是物种

</code>

===== 输出 =====
如果输出3个done，证明脚本替换成功，正常投递任务即可

编辑摘要

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