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====== qiime2新流程剔除物种售后小工具 ======
基本方法：在原有的自动化脚本的基础上进行修改，将剔除的物种作为参数传入脚本中，实现分析时自动剔除物种
适用项目：qiime2新流程
===== 使用方法 =====
<code>
#新流程正常输出shell.sh后
#将最后四行注释掉，并将最后四行输出到toudi.sh中
#运行shell.sh打印分析脚本

#如果需要剔除物种，在工作目录下配置一个deltax.txt

/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/script/qiime2-newpipline/del-species.py \
 --deltax deltax.txt

chmod -R 777 . 
nohup sh toudi.sh &

</code>
===== 实现功能 =====
自动寻找log目录下的featureAnalysis_fastaAssignTaxonmy_X101SC23030591-Z01-F001.sh脚本

备份为raw_featureAnalysis_fastaAssignTaxonmy_X101SC23030591-Z01-F001.sh

修改Analysis.job中，构建系统发育树的顺序，调整为物种注释之后*  (剔除物种会删除代表序列，所以需要调整到剔除物种之后运行)

将剔除物种的这一堆步骤打印到featureAnalysis_fastaAssignTaxonmy_X101SC23030591-Z01-F001.sh新脚本中

将原始的三个文件加raw_前缀放在原路径下

剔除的物种的注释信息放在工作目录下

测试路径： /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23030591-Z01-qiime2-newpipline/X101SC23030591-Z01-F001/deltest

===== deltax.txt文件配置注意事项 =====

在工作目录下配置一个deltax.txt，每行一个需要剔除的物种，必须加层级信息

剔除原则：物种注释信息这一列只要包含该单词，该ASV就会删除，与grep一样，加层级即为精准匹配

编辑摘要

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