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扩增子-ancom差异分析
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====== 扩增子-ANCOM差异分析 ====== ANCOM分析不依赖于数据的分布假设，可以在线性模型框架中实现，并消除了使用相对丰度带来的偏差，从而能够有效降低结果的假阳性。 可以作为metastat/t-test等标准差异分析的补充。 ===== 输入文件 ===== 标准交付结果-均一化后的丰度表：featureTable.sample.total.even.txt 样本-分组信息：group1.list ===== 测试路径及工作脚本 ===== <code> /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/personal_demand/230417-00019-ancom/analysis </code> <code> #暂未传参，可直接执行 /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/R_env/bin/Rscript ancom.R </code> ===== 最终效果展示及结果解读 ===== 结果简单解读： 使用W统计量来划分差异物种，W值越高，代表差异越显著 可进行ASV或者其它物种分类水平的差异分析 可对ASV进行分类，标注门水平的分类结果 使用ggrepel::geom_text_repel为W统计量>0.9的ASV添加指定水平的标签 {{ :ancom.png?600 |}}
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扩增子-ancom差异分析.txt
· 最后更改: 2023/07/10 03:46 由
sunhongtao
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