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新流程去嵌合体
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=== 新流程中统一了拆分质控流程,使用的是vsearch基于参考数据库去除嵌合体 === 去除嵌合体 软件:vsearch 版本:v2.16.0_linux_x86_64 vsearch -uchime_ref 质控clean序列 -db 比对数据库 -nonchimeras 输出无嵌合体有效序列 16s 去除嵌合体比对数据库SILVA_138.1_SSURef_NR99/silva_Bac.Arc.fasta ITS UNITE_v9.0/unite_v9.0_99_ITS.fa Qiime1 其次, Uparse软件(Uparse v7.0.1001,http://drive5.com/uparse/)在进行OTUs聚类时也会对嵌合体形成的假性OTUs进行判断和去除。 Qiime2 在qiime2流程中,DADA2会对序列进一步质控。
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新流程去嵌合体.txt
· 最后更改: 2023/07/06 04:41 由
mengyanliang
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