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=====富集bar图===== /data/NGS_RNA/software/miniconda3/envs/r_3.5.0/bin/Rscript /NGS/ngs/pipline_v1/new_ref/bin/bar_plot --stat /data3/ngs/X101SC19112140-Z01-F001-B1/new/DE0517_1//DE0517_1_result/KEGG/G2vsG1/UP/G2vsG1_up_KEGGenrich.xls --type KEGG --cutoff padj --prefix /data3/ngs/X101SC19112140-Z01-F001-B1/new/DE0517_1//DE0517_1_result/KEGG/G2vsG1/UP/G2vsG1_up_KEGGbar Error in `levels<-`(`*tmp*`, value = as.character(levels)) : factor level [19] is duplicated Calls: factor Execution halted rename <- function (x) { namelist <- c() for (i in 1:length(x)) { if (nchar(x[i]) >= 50) { vectors <- unlist(strsplit(x[i],' ')) newname <- paste(vectors[1],vectors[2],vectors[3],vectors[4],vectors[5],'...',sep=' ') while(newname %in% namelist) { newname <- paste(newname,'.',sep='') } namelist[i] <- newname } else if(x[i] %in% namelist){ while(x[i] %in% namelist) { newname <- paste(x[i],'.',sep='') x[i] <- newname } namelist[i] <- newname } else{ namelist[i] <- x[i] } } return(namelist) } =====GO有向无环图报错===== 报错信息如下: Error in if ((n <- as.integer(n[1L])) > 0) { : missing value where TRUE/FALSE needed 报错原因:绘制GO有向无环图师,使用topGO,会调用R中GO.db来寻找子节点与父节点的关系,但是GO.db中的信息并不是一直不变的,所以有些GO ID在GO.db中没有,则会报这个错误。\\ 目前新版有参准备参考基因组使用R版本有用到过3.4.2(南京集群)和3.5.0(天津集群),这两个版本中GO.db是不一致的,因此,可换用尝试绘制,来解决此问题。
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· 最后更改: 2022/09/14 03:25 由
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