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======单菌框架图自动化流程重新生成clean======
框架图自动化流程分析只交付了rawdata，但是有客户后续找回需要重新交付clean，可以使用框架图新流程手动步骤将首次交付的rawdata链接到当前路径，然后配置rawlist进行重新质控，但是如果遇到以数字开头的样本名，不可作为sjm的任务名进行分析，所以还涉及到样本重新改名的问题，为了简化操作，可以直接跑自动化流程进行质控。

现整理了相关流程步骤如下：

======准备工作======
**1. 切换liuqingqing账号**

======运行步骤======
**1. 配置文件：**

将自动化分析路径下的mapfile_all,run.sh,project_info,sample_list拷贝到当前路径：
<code>
cp mapfile_all run.sh project_info sample_list 当前分析目录/
</code>
将mapfile_all中cleandata列中的0替换为1：
<code>
sed -i 's/\t0\t/\t1\t/g'  mapfile_all
</code>
复制mapfile_all作为mapfile：
<code>
cp mapfile_all mapfile
</code>

注：首次分析路径下的mapfile_all记录了所有加测路径，可以直接作为重新质控的mapfile

**2. 将run.sh中的--auto参数从y改为n；添加参数--ifpushpom n；修改--mapfile和--outdir路径；修改--batchid 分期号：**

修改后的run.sh格式如下：
<code>
/PUBLIC/software/RESEQ/software/anaconda2/setup/bin/python /TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_SEQ/pipline_v5.1/pipline/..//pipline/GB_QCseq_pipline_v1.py \
        --contract H101SC24042805 \
        --batchid X101SC24042805-Z01-F001 \
        --mapfile /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/X101SC24042805-Z01/X101SC24042805-Z01-F001/kjt-qc-20240506/mapfile \
        --outdir /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/X101SC24042805-Z01/X101SC24042805-Z01-F001/kjt-qc-20240506 \
        --header n \
        --auto n \
        --type DSW \
        --admin_email 'yanyoudong@novogene.com;zhangxiaoxia@novogene.com;liutiance7240@novogene.com' \
        --zcat_flag y \
        --gn_flag y \
        --fenyangflag N \
        --checkmismatchflag n \
        --showqcresultbylane n \
        --ifpushpom n
</code>

**3. 运行run.sh：**

注：此步执行后会生成sjm投递的sjm_QC.sh

**4. sjm投递任务：**

在sjm_QC.sh第一行添加下面环境：

<code>
source /TJPROJ5/GB_SEQ/PJ_GB/seq/auto/task/bash_profile_zidong
</code>

投递任务
<code>
nohup sh sjm_QC.sh &
</code>

流程测试路径：
<code>
/TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/X101SC24042805-Z01/X101SC24042805-Z01-F001/kjt-qc-20240506
</code>

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