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物种-功能丰度富集分析气泡图
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====== 宏基因组物种功能气泡图 ====== meta标准分析功能注释结果中，以CAZy为例，仅提供了物种和功能的对应关系表Unigenes.CAZY.tax.xls，本次优化利用该文件，与unigene的丰度信息连接，获得物种-功能丰度信息，并绘制气泡图 ===== 输入文件 ===== 标准交付结果-酶-物种对应关系表：Unigenes.CAZY.tax.xls 标准交付结果-均一化后的unigene绝对丰度表：Unigenes.readsNum.even.xls 样本分组信息：group.list 指定的酶名称：level2top15.txt 指定物种的名称：level_g_top20.txt ===== 测试路径及工作脚本 ===== <code> /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/personal_demand/X101SC19110328-Z01-meta-cazy/up_all/X101SC19110328-Z01-F006/analysis </code> <code> /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/R_env/bin/Rscript /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/personal_demand/X101SC19110328-Z01-meta-cazy/up_all/X101SC19110328-Z01-F006/analysis/paopao.R \ --fun_tax Unigenes.CAZY.tax.xls \ --even_unigene Unigenes.readsNum.even.xls \ --group group.list \ --tax level_g_top20.txt \ --fun level2top15.txt \ </code> ===== 最终效果展示 ===== {{ :paopao.png?300 |}}
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物种-功能丰度富集分析气泡图.txt
· 最后更改: 2023/07/10 03:48 由
sunhongtao
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