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======简介====== meta分析流程中,会遇到客户需求进行环境因子分析。 此处整理优化了meta环境因子分析流程。 ======功能====== meta环境因子分析。 ======数据准备====== **1. 丰度文件准备:** 分析所使用丰度文件为meta结果文件中04.TaxAnnotation/MAT/Relative文件夹以及目录下各层级相对丰度文件 **2. 环境因子文件:** 包括环境因子数据env.list,mantel-test分析mantel.list,vpa分析vpa.list ======数据分析====== **1. 环境因子spearman,CCA,mantel-test分析:** <code> perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MetaGenome_pipeline/Meta_Env/Meta_Env_V1.0/bin/Environment_factors_analysis.pl --outdir 绝对路径/Environment_factors_analysis/ --rel /MAT/Relative --env env.list --env_category mantel.list --vpa_group vpa.list --group group.list </code> **2. 环境因子vpa分析(两组比较):** <code> perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MetaGenome_pipeline/Meta_Env/Meta_Env_V1.0/bin/../lib/VPA/VPA.pl 绝对路径/MAT/Relative/ env.list vpa.list --outdir Environment_factors_analysis/VPA1 </code> 注:该脚本只适用于两组环境因子之间进行vpa分析。 **3. 环境因子vpa分析(三组比较):** 当遇到三组环境因子进行vpa分析时,需要准备配置以下文件: vpa.list格式:环境因子组名1:因子1,因子2(tab分隔)环境因子组名2:因子3,因子4(tab分隔)环境因子组名3:因子5,因子6 可以参考/TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/hjyz/three-vpa.list文件格式 env.list格式不变 MAT/Relative下丰度文件格式需要变化,具体操作是需要去掉各层级丰度表最后一列,去掉第一列列名层级名称,将第一列的空格替换为.,然后进行转置。 然后运行以下脚本即可完成三组vpa分析 <code> mkdir kingdom phylum class order family genus species perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.k.xls env.list three-vpa.list kingdom perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.p.xls env.list three-vpa.list phylum perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.c.xls env.list three-vpa.list class perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.o.xls env.list three-vpa.list order perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.f.xls env.list three-vpa.list family perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.g.xls env.list three-vpa.list genus perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/multi_vpa/bin/multi_vpa.pl MAT/Relative/Unigenes.relative.s.xls env.list three-vpa.list species </code> 示例脚本: <code> sh /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/hjyz/three-vpa.sh </code>
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· 最后更改: 2022/09/11 09:04 由
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