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组装参数以及最优的选择方法
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框架图组装，我们分别使用了SOAP denovo，spades、abyss软件进行组装。SOAP denovo参数 -d 1 -R -F -K 95 -k 95 ；spades参数 --phred-offset 33 -k 99,127；abyss参数 k=64 最后使用CISA软件对组装软件组装生成的结果进行整合和优化，原理是将所有 Assemblies 的 contigs 进行合并，并按长度进行排序。然后调用 NUCmer 软件按从长到短的顺序对序列逐个进行基因组比对。通过此方法来得到序列在各个 Assemblies 之间的重叠状况，并输出序列重叠信息和序列延伸信息。设定的阈值为：非代表性序列与代表性序列的比对结果达到 >95% 覆盖度 和 >95% 的一致性； 或非代表性序列超出了代表性序列的两端时，比对结果 >80% 覆盖度 和 >95% 的一致性。通过这种方法，最终得到延长的代表性序列。 最后我们会从这4种结果中挑选一个最好的结果作为最后的组装结果。
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· 最后更改: 2023/06/16 03:45 由
mengyanliang
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