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转移元件共线性分析
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====== 售后小工具:转移元件共线性分析 ====== 1. 展示转移元件和抗性基因在contigs上的分布情况 2. 箭头方向代表元件的方向 3. 箭头长度代表元件在contigs的长度和位置信息 4. 标注元件名称 5. 脚本关键思路:从输入文件中整合转移元件的位置和方向信息,调用draw_genePos2.pl脚本绘图 ====== 输入文件 ====== 输入文件:转移元件的注释及位置信息 scaftig.mag.mge.info.xls 抗性基因位置和方向信息:E11.rename.mgm.gff 三种转移元件的Blast M8标准输出文件:interal.blastout.m8 主脚本及测试路径:/TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/zhuanyi ====== 运行文件 ====== <code> /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/zhuanyi/transfer_element.py \ --maginfo scaftigs.mag.mge.info.xls \ #获取转移元件的位置信息 --interal interal.txt \ #获取转移元件的方向信息blastm8格式 --isfinder isfinder.txt \ #获取转移元件的方向信息blastm8格式 --plasmid plasmid.txt \ #获取转移元件的方向信息blastm8格式 --aro /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/zhuanyi/ARO \ #抗性基因位置和方向信息 --result result.txt \ #结果 --log log.txt #日志 perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MicroGenome_pipeline/MicroGenome_pipeline_v6.0/lib/04.Genome_Function/GI/draw_genePos2.pl result.txt --sign --scal --height 500 --flanky 60 --width 1000 --hcolor --fsize 20 --fsize2 20 --reverse --signcln 10 > transfer_element.svg /usr/bin/convert transfer_element.svg transfer_element.png </code> ====== 输出结果展示 ====== result.txt和log.txt {{:zhuanyi.png?900|}} ====== 绘图结果展示 ====== {{:zhuanyi2.png?900|}}
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· 最后更改: 2023/01/06 02:16 由
sunhongtao
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