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======mRNA和miRNA关联分析======

为应对miRNA流程更新对原有脚本进行优化。

===优化部分===
1.修改脚本中miRNA差异结果路径。

2.更换富集分析软件与miRNA新流程一致。

3.修改report。

===脚本===
/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/asso/miRNA_mRNA/new/custom_sRNA_analysis.new.pl

===脚本使用===
<code>
perl /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/asso/miRNA_mRNA/new/custom_sRNA_analysis.new.pl \
	-project  asso \ #报告中显示的项目号
	-od /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso \ #工作目录
	-asso  y  \ 
	-type Ref  \  #mRNA项目类型 "Ref" or "NoRef" or "med"
	-t plant  \   #animal or plant  for "NoRef"
	-mirna /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso/raw/miRNA/Result_X101SC22053906-Z01-J004_Solanum_lycopersicum/14.DiffExprAnalysis/14.4.DiffExprAnalysis \ #miRNA差异目录
	-mrna /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso/raw/mRNA/Result_X101SC22041739-Z01-J007-B7-16/5.Differential/1.deglist \  #mRNA差异目录
	-union /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso/raw/mRNA/Result_X101SC22041739-Z01-J007-B7-16/5.Differential/3.cluster/diff_uion.xls \ #mRNA gene fpkm
	-mirnacn VirusvsWT \
	-mrnacn VirusvsWT \
	-assotype ref  \ #miRNA项目类型 miRNA-ref:"ref"; miRNA-noref:"noref"
	-pairs /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso/raw/miRNA/Result_X101SC22053906-Z01-J004_Solanum_lycopersicum/15.miRNA_target/targets_gene.pairs \ #miRNA靶向分析结果 两列 miRNA target_gene
	-species sly \ #kegg三字母
        -refdir /TJPROJ6/GB_TR/reference_data/new_pip/Plant/Solanum_lycopersicum/Solanum_lycopersicum_ncbi_srna/genome/ \ #参考基因组路径
</code>
===脚本使用方法===
1.填写参数到asso.sh（后面脚本中会找asso.sh文件）

2.sh asso.sh

3.在od目录下生成Association

4.nohup sh run_association_analysis.sh &

===结果文件===
将在od路径下的Association/result中生成

===待优化点===
1.富集分析消耗大量时间。或可调整背景基因解决。

2.目前只有做有参mRNA和有参miRNA可按流程顺利执行。

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