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======简介======
meta CARD分析流程中，我们结果中只交付了抗性基因ARO丰度。我们可以根据抗性基因ARO的丰度进一步扩展获得抗性分类以及抗性机制的丰度。

主要思路是根据RGI预测结果Unigenes.protein.rgi.txt中抗性基因ARO和抗性分类/机制的关系，处理ARO丰度表以获取抗性分类/机制的丰度。

======功能======
根据ARO丰度，获得抗性分类以及抗性机制的丰度。
======数据准备======
**1. 处理ARO丰度表stat.ARO.relative.xls：**

由于others占比过高，需要去除stat.ARO.relative.xls中的others重新计算相对丰度。
<code>
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/gxh/shouqian/pingjun.pl stat.ARO.relative.xls
</code> 
**2. 处理rgi预测结果文件：**

对rgi预测文件去重，此步可以excel处理，最后提取必要的抗性基因，分类和机制列
<code>
cut -f 9,15,16 Unigenes.protein.rgi.txt > shaixuan
</code>
对空白分类到card官网查询并补全

**3. 生成后续分析的丰度/分类/机制文件**

生成筛选平均相对丰度大于1%的ARGS，并输出丰度和分类机制表格hebing.xls,此处可以改脚本不加丰度阈值筛选
<code>
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/gxh/shouqian/hebing.pl shaixuan new-relative.xls
</code>

======数据分析======
**1. 抗性基因分类研究：**

新建drug文件夹，进入该文件夹，将hebing.xls拷贝到当前文件夹
<code>
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/gxh/shouqian/drug/chaifen-Drug.pl hebing.xls
</code>
该步对重复的分类行进行拆分，复制到下一行,生成drug.xls
最后使用cut -f 保留drug列，生成drug-only.xls

重新计算相对丰度，生成new-drug-relative.xls
<code>
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/gxh/shouqian/drug/pingjun2.pl  drug-only.xls
</code>

最终生成抗性基因分类在各样本丰度占比及对应的ARGs
<code>
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/gxh/shouqian/drug/statDrug.pl new-drug-relative.xls drug-final.xls drug-final2.xls
</code>
**2. 抗性机制研究：**

新建mech文件夹，进入该文件夹，将hebing.xls拷贝到当前文件夹
<code>
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/gxh/shouqian/mech/chaifen-mech.pl hebing.xls
</code>
该步对重复的机制行进行拆分，复制到下一行,生成mech.xls
最后使用cut -f 保留mech列，生成mech-only.xls

重新计算相对丰度，生成new-mech-relative.xls
<code>
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/gxh/shouqian/mech/pingjun3.pl mech-only.xls
</code>

最终生成抗性机制在各样本丰度占比及对应的ARGs
<code>
perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/gxh/shouqian/mech/statMech.pl new-mech-relative.xls mech-final.xls mech-fina2.xls
</code>

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