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======简介======
meta分析流程中，由于CARD数据库分析流程与其他数据库（CAZy，KEGG，eggNOG）差异较大，主要体现在丰度表格式不同，所以流程没有CARD数据库的PCA，PCoA和NMDS分析。
现依照KEGG流程补充此部分分析，主要思路体现在对输入文件内容的更改，使其适配脚本逻辑。
======功能======
具体包括三个分析点：PCA，PCoA，NMDS
======数据准备======
**1. PCA分析的输入文件：**

CARD PCA分析脚本所用数据为stat.ARO.relative.xls，需要对其进行处理，第一列列名删掉，将最后一行的NonARO替换为Others。
 
**2. PCoA分析的输入文件：**

CARD PCoA分析脚本所用数据也是stat.ARO.relative.xls，需要对其进行处理，将第一列复制添加到最后一列，将最后一列列名删掉，将最后一行的NonARO替换为Others。

文件内容修改后，还需要将文件名称名称从stat.ARO.relative.xls 改为ARO.relative.stat.xls，因为脚本逻辑以"."分割，将-2(倒数第二个元素)作为层级（KEGG中的level1，2，3），所以脚本中最后的内容ARO.relative作为前缀（KEGG为Unigenes.relative）

此外脚本识别的是文件夹，需要新建Relative文件夹，将改名后的文件放入其中。

**3. NMDS分析的输入文件：**

CARD NMDS分析脚本所用数据为stat.ARO.absolute.xls，需要对其进行处理，将第一列复制添加到最后一列，将最后一列列名改为Description，将最后一行的NonARO替换为Others。

对丰度表的数据处理可以写脚本，也可以vim进行处理。
======数据分析======
**1. PCA分析脚本：**
<code>
perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MetaGenome_pipeline/MetaGenome_pipeline_V5.1/lib/05.Function/lib/KEGG/../../../00.Commbin/PCA/PCA.R.pl 绝对路径/stat.ARO.relative.xls 绝对路径/all.mf 绝对路径/PCA 2>pca.log
</code>
**2. PCoA分析脚本：**
<code>
perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MetaGenome_pipeline/MetaGenome_pipeline_V5.1/lib/05.Function/lib/KEGG/../../../00.Commbin/PCoA/pcoa_plot.pl 绝对路径/Relative/ 绝对路径/all.mf 绝对路径/PCoA ARO.relative
</code>
注：ARO.relative为设置输出文件前缀名称

**3. NMDS分析脚本：**
<code>
perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MetaGenome_pipeline/MetaGenome_pipeline_V5.1/lib/05.Function/lib/KEGG/../../../00.Commbin/NMDS/NMDS.R.pl 绝对路径/stat.ARO.absolute.xls 绝对路径/all.mf 绝对路径/NMDS -T 2>log
</code>
注：all.mf为样本/分组信息，以制表符分割

编辑摘要

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