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====== CheckV ======
CheckV 通过将序列与完整病毒基因组的大型数据库进行比较来估计完整性，其中包括从公开可用的宏基因组、宏转录组和宏病毒组的系统搜索中确定的 76,262 个。在对模拟数据集进行验证并与现有方法进行比较后，我们将 CheckV 应用于宏基因组组装病毒序列的大量不同集合，包括 IMG/VR 和全球海洋病毒。这揭示了 44,652 高质量病毒基因组（即> 90% 完整）。

===== Running CheckV =====
<code>
 source  /TJPROJ1/META_ASS/soft/anaconda3/bin/activate /TJPROJ1/META_ASS/soft/CheckV

</code>
有两种方法可以运行CheckV：
  - 使用单个命令来运行完整的流程（推荐）：
<code>
checkv end_to_end input_file.fna output_directory -t 16 -d /TJPROJ1/META_ASS/soft/CheckV/checkv-db-v1.5/
</code>
  - 为流程中的每个步骤使用单独的命令：
<code>
checkv contamination input_file.fna output_directory -t 16
checkv completeness input_file.fna output_directory -t 16
checkv complete_genomes input_file.fna output_directory
checkv quality_summary input_file.fna output_directory
</code>

==== 数据库安装 ====
本次分析使用v1.5版本的流程进行分析
<code>
#可以采用下面的方法下载不同版本的数据库
wget https://portal.nersc.gov/CheckV/checkv-db-archived-version.tar.gz
tar -zxvf checkv-db-archived-version.tar.gz
cd /TJPROJ1/META_ASS/soft/CheckV/checkv-db/genome_db
diamond makedb --in checkv_reps.faa --db checkv_reps
</code>
也可以使用软件内置数据库更新脚本
<code>
checkv update_database /path/to/checkv-db /path/to/updated-checkv-db genomes.fna
</code>

==== 软件工作方式 ====
{{ :yuxi:68747470733a2f2f6269746275636b65742e6f72672f6265726b656c65796c61622f636865636b762f7261772f363537666465396231633639363138356133393934353666626362623463613832303636616262362f706970656c696e652e706e67.png?600 |}}
=== A：去除原病毒的宿主污染 ===
  * 根据与HMM的自定义数据库的比较，基因首先被注释为病毒或微生物
  * CheckV扫描contig（5'至3'），比较一对相邻基因窗口之间的基因注释和GC含量
  * 这些信息用于计算每个基因间位置的分数，并识别宿主病毒断点
  * 最适合以病毒为主的contigs
=== B：估计基因组的完整性 ===
  * 首先使用AAI（平均氨基酸身份）将蛋白质与CheckV基因组数据库进行比较
  * 在确定热门点击量后，完整性计算为contig长度（或前病毒的病毒区域长度）和匹配参考长度之间的比率
  * 置信水平是根据对齐强度报告的
  * 一般来说，高置信度和中置信度估计相当准确
  * 较少的情况是，您的病毒基因组可能与CheckV数据库不紧密匹配；在这些情况下，CheckV根据在contig上识别的病毒HMM估计完整性
  * 根据发现的HMM，CheckV返回基因组完整性的估计范围（例如35%至60%的完整性），这代表了基于具有相同病毒HMM的参考基因组长度分布的90%置信区间
=== C：预测封闭基因组 ===
  * 直接终端重复（DTRs）
  * 连续开始/结束时>20-bp的重复序列
  * 在我们的经验中，最值得信赖的签名
  * 可能表明从圆形模板（即共聚体）复制的圆形基因组或线性基因组
  * 原病毒
  * 预测宿主边界在5'和3'末端的病毒区域（见面板A）
  * 注意：如果主机区域已被删除（例如使用VIBRANT或VirSorter），CheckV将不会检测到病毒
  * 倒置终端重复（ITRs）
  * 在contig开始/结束时>20-bp的重复序列（3'重复反转）
  * 最不信任的签名
  * 对于上述所有方法，CheckV还根据估计的完整性检查contig是否大约是正确的序列长度；这很重要，因为终端重复可以代表元基因组组装的伪影
=== D：总结质量 ===
  * 根据A-C的结果，CheckV生成一个报告文件，并将查询contigs分配给五个质量层之一（与MIUViG质量层一致并扩展）：
  * 完成（见面板C）
  * 高质量（>90%的完整性）
  * 中等质量（50-90%的完整性）
  * 低质量（<50%的完整性）
  * 不确定的质量

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关于输出结果的说明参见官网：
  * 官网路径：[[https://pypi.org/project/checkv/]]
  * 脚本路径：[[/TJPROJ1/META_ASS/soft/CheckV]]

编辑摘要

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