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参考官方链接： [[https://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/]] 第一步：通过bwa比对获得bam文件 <code> export PYTHONPATH="" unset PERL5LIB export PATH=/TJPROJ2/GB/PUBLIC/software/GB_TR/mRNA/miniconda3/envs/CircNovel/bin:$PATH bwa mem -t 4 -T 19 hg19.fa Y3_1.fq.gz Y3_2.fq.gz 1>bwa_out_Y3.sam 2>bwa_out_Y3.log </code> 第二步：使用CIRCexplorer2 的parse和annotate的功能，进行circRNA鉴定。 <code> /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/fengjie/SOFTWARE/CONDA/conda/bin/CIRCexplorer2 parse -t BWA bwa_out_Y3.sam > CIRCexplorer2_parse.log2 /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/fengjie/SOFTWARE/CONDA/conda/bin/CIRCexplorer2 annotate -g hg19.fa -r hg19_ref.txt -b back_spliced_junction.bed -o circularRNA_known.txt > CIRCexplorer2_annotate.log </code>
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· 最后更改: 2023/12/25 07:39 由
fengjie
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