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==== 使用CIRIquant软件进行circRNA鉴定和定量 ==== <code> #~~~~ #运行脚本： python /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/sunjiaxue/scripts/get_CIRIquant.py \ --rawdata ./rawdata \ --sample Sample_1,Sample_2,Sample_3 \ --ref_yml ./Homo_sapiens_Ensembl_110_ref.yml \ --outfile ./tt #~~~~ Homo_sapiens_Ensembl_110_ref.yml文件格式： name: Homo_sapiens_Ensembl_110 tools: bwa: /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/CIRIquant_v1.1.3/bin/bwa hisat2: /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/CIRIquant_v1.1.3/bin/hisat2 stringtie: /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/CIRIquant_v1.1.3/bin/stringtie samtools: /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/CIRIquant_v1.1.3/bin/samtools reference: fasta: ./ref/Homo_sapiens_Ensembl_110.fa gtf: ./ref/Homo_sapiens_Ensembl_110.gtf bwa_index: ./ref/Homo_sapiens_Ensembl_110.fa hisat_index: ./ref/Homo_sapiens_Ensembl_110 </code>
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· 最后更改: 2024/12/31 08:43 由
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