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======简介======
克隆结构分析时，客户需要将多个肿瘤样本同时进行分析。

此流程作为流程中目前仅限单样本克隆结构的补充分析。

======功能======
多样本克隆结构分析。
======数据准备======
**1. 客户已做克隆结构分析：**

分析所使用的单样本克隆数据在AdvanceAnalysis/Clone/pyclone目录下各个样本下的*tsv文件

**2. 客户未做克隆结构分析：**

需先使用该流程生成*tsv文件：/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/gexinghua/mutClone/singleClone.sh

<code>
python /TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/gexinghua/mutClone/Pyclones_analysis.py -i maf_cnv.list -o ./ -c 0 -s 1 -e 2 -n 4 -v cnv -r coding
</code>
**获取tsv的配置文件：**
^ #样本名  |        *somatic.maf         |   *somatic.CNV.txt  |
|   B4T   | B4T.somatic.snvindel.maf    | B4T.somatic.CNV.txt  |
|   B9T   | B9T.somatic.snvindel.maf    | B9T.somatic.CNV.txt  |
======数据分析======
**1. 多样本克隆分析：**
<code>
PYTHONPATH=/PUBLIC/software/CANCER/Software/Miniconda3/envs/python2/lib:/PUBLIC/software/CANCER/Software/Miniconda3/envs/python2/lib/python2.7/site-packages
/ifs/TJPROJ3/CANCER/share/software/miniconda3/envs/python2.7/bin/PyClone run_analysis_pipeline --in_files A.tsv B.tsv C.tsv --working_dir pyclone_analysis
</code>

示例脚本：
<code>
/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/gexinghua/mutClone/mutClone.sh
</code>

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