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encode数据库注释基因元件
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======简介====== 需求: 对位点进行所处基因元件注释 ENCODE :GRCh38和mm10基因组DNA元件数据库 https://www.encodeproject.org/search/?type=Annotation&annotation_type=candidate+Cis-Regulatory+Elements&annotation_type=chromatin+state&annotation_type=representative+DNase+hypersensitivity+sites&status=released&annotation_subtype=proximal+enhancer-like 参考文献 E. P. Consortium et al., Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes. Nature 583, 699-710 (2020). ======数据准备====== 1 :bed文件 2 :参考基因组,目前只支持mm10 示例路径: /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/software/jiftools/bam-readcount/example 天津集群脚本以及流程: <code> 脚本示例 /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/software/jiftools_v2/data/encode/example/example_works.sh 手动执行: /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/software/jiftools_v2/jiftool data encode N.breaks.bed /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/software/jiftools_v2/data/encode/example mm10 /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/software/jiftools_v2/data/encode/example/outfiles.xls sh qsub.sh sh result.sh mv outfile N.breaks.bed.stat rm -rf qsub.sh result.sh split_infile </code>
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· 最后更改: 2024/10/08 06:56 由
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