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====== 富集网络图 ====== 使用的R包:aPEAR ===== 代码 ===== <code> suppressMessages({ #library(devtools) #install_github('ievaKer/aPEAR') #library(plotly) library(aPEAR) #library(clusterProfiler) library(argparser)}) argv <- arg_parser('') argv <- add_argument(argv,"--enrich_result", help="") argv <- add_argument(argv,"--minClusterSize", help="每个网络至少包含的通路数量", default= 5) argv <- add_argument(argv,"--prefix", help="") argv <- parse_args(argv) enrich_result = argv$enrich_result if (is.na(argv$minClusterSize)){ minClusterSize <- 5 }else{ minClusterSize = argv$minClusterSize } prefix = argv$prefix k <- read.table(enrich_result, sep = '\t',header = T, quote = '') P <- enrichmentNetwork(k, drawEllipses = F, fontSize = 4,repelLabels =F, minClusterSize=minClusterSize,clustNameMethod='hits',simMethod = 'jaccard', nodeSize='Count',colorBy = 'pvalue',colorType = 'pval')+ scale_color_gradientn(colours = c("#B83D3D",'white','#1A5592'), name = "pvalue") pdf(file=paste(prefix, '.pdf',sep='')) P dev.off() svg(filename=paste(prefix, '.svg',sep='')) P dev.off() ggsave(file=paste(prefix, '.png',sep=''),type='cairo-png',plot=P) </code> ==== 示例图 ==== {{:enrichmentnetwork.png?400|}}
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· 最后更改: 2023/09/25 08:37 由
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