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======简介======
fastMitoCalc 是原版程序 mitoCalc 的一个超快版本，它可以从全基因组测序数据中估算 mtDNA 拷贝数。fastMitoCalc 比 mitoCalc 快约 100 倍，并且可以在不到一分钟的时间内分析一个 bam 文件（核 DNA 的平均覆盖度为 4倍）。因此，fastMitoCalc 适用于大规模的全基因组测序项目。
fastMitoCalc 需要在索引过的 bam 文件上工作！

======功能======
估算 mtDNA 拷贝数
======数据准备======
已经排序并索引过的bam文件

======数据分析======
1 示例路径======
/TJPROJ10/JK/liuqifei/test/fastMitoCalc
======
2 分析脚本
<code>
export PATH="/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/liuqifei/miniconda3/bin:$PATH"
/TJPROJ10/JK/liuqifei/software/fastMitoCalc/fastMitoCalc.pl -f M1_T8_WES.nodup.bam -w ./ -p /TJPROJ10/JK/liuqifei/software/fastMitoCalc/BaseCoverage
</code>

======交付结果======
分析完成后，中间文件将被自动删除，输出文件将保存为 .txt 文件。以下是输出文件的详细解释：
mt_copy_number_avg：估算的 mtDNA 拷贝数，使用随机选择的区域、特定染色体或用户定义的特定区域进行计算。
mt_coverage：平均 mtDNA 覆盖度
autosomal_coverage：平均常染色体覆盖度
actual basepairs covered by reads: 在随机选择的区域、特定染色体或用户在 bed 文件中指定的区域中，至少被一个测序读取覆盖的碱基总数。
chrom_used_for_autosomal_coverage: 用于计算核 DNA 测序覆盖度的常染色体列表
<code>
$cat M1_T8_WES.nodup.txt
mt_copy_number_avg	mt_coverage	autosomal_coverage	actual basepairs covered by reads	chrom_used_for_autosomal_coverage
48.1138	66.7682	2.77543	3000000	1-22
</code>

编辑摘要

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