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====== binning前评估 ======
通过分箱前评估，可以检查数据的分布情况，确定数据是否具有一定的规律性或趋势。分箱前评估可以帮助识别数据中的异常值。异常值可能会严重影响分箱结果，因此在分箱前识别并处理它们是非常重要的。分箱前的数据评估还包括数据清洗和预处理，如缺失值填充、数据标准化等。
===== 路径脚本 =====
/TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/test/binning/work.sh
<code>
perl /TJPROJ1/META_ASS/test_Advanced_analysis/check_binning_pipelineV1.0/bin/evaluate_for_binning.pl_yuxi20200525 --respath /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/202403/X101SC22011043-Z01-J007-meta/X101SC22011043-Z01-F004 --notrun --rundir
</code>
这个 Perl 脚本 evaluate_for_binning.pl 主要用于评估元基因组（Metagenome）结果，检查在最终的 contig binning 结果中可能找到的物种。
<code>
必需参数：
--respath [result pathway]：元基因组结果路径，应该包含以下文件夹：
02.Assembly
03.GenePredict
04.TaxAnnotation
--outdir [str]：输出目录，默认 ./out
可选参数：
--spenum [int]：评估的物种数量，默认 100。
--complete [float]：物种的完整性（%）截断值，默认 75。
--cont_low [float]：物种的污染（%）截断值（低风险），默认 10。
--cont_high [float]：物种的污染（%）截断值（高风险），默认 100。
--clean：完成运行后删除临时数据（默认不设置）。
--notrun：仅写入 shell，但不运行。
--rundir：从运行目录获取输入数据，而不是结果目录。
</code>
===== 结果 =====
<code>
生成的子目录及文件
01.OrigData：

all.scaftigs.fa：合并后的所有 scaftigs 序列文件。
all.mgm.gff：合并后的所有基因预测 GFF 文件。

02.Species：

01.GeneList：包含提取的基因列表文件，文件命名格式通常为 gene.<index>.list，其中 <index> 是物种的索引。
02.Scaftigs：包含每个基因对应的 scaftigs 文件，文件命名格式通常为 scaftig.<index>.fa。

03.Evaluation：

01.CheckM：
CheckM.txt：CheckM 分析的结果文件，包含关于完整性和污染度的评估。
SCG：包含 SCG（Single Copy Genes）分析的结果文件。
02.Result：
Binning_evaluate.xls：最终的评估结果文件，包含物种的完整性、污染度等信息。
</code>

编辑摘要

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