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=====fusioncatcher=====

针对人有做好数据库，其他物种需要先做数据库

在某篇评估转录组各个分析流程所用软件的文章中，fusioncatcher 被评为分析融合基因的最佳工具，该软件的网址如下：https://github.com/ndaniel/fusioncatcher

集群安装位置：/TJPROJ6/RNA_SH/software/fusioncatcher/fusioncatcher-master/bin/fusioncatcher.py（1.20版本，数据库是人98）和/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/fusioncatcher_1.33/bin/fusioncatcher（1.33版本，数据库是人94），软件不同的数据库不可以通用

构建数据库命令：
  source activate fusioncatcher_1.33
  fusioncatcher-build.py  -g homo_sapiens -o db/homo_sapiens -w asia.ensembl.org --ftp-ensembl ftp.ensembl.org  
在构建过程因为网络问题，可能会中断，该命令会构建在新版参考基因组的数据库，如需以往版本需要更改脚本get_genome.py

分析使用方法，94版：
  source activate /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/fusioncatcher_1.33
  
  fusioncatcher -d  /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/fusioncatcher_1.33/db/homo_sapiens/db/94 -i /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/MuTect2-test/fusioncatcher/clean -o /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/MuTect2-test/fusioncatcher/94 
98版
  /TJPROJ6/RNA_SH/software/fusioncatcher/fusioncatcher-master/bin/fusioncatcher.py -d  /TJPROJ6/RNA_SH/software/fusioncatcher/fusioncatcher-master/data/current -i /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/MuTect2-test/fusioncatcher/clean -o /TJPROJ6/RNA_SH/shouhou/202205/MuTect2-test/fusioncatcher
  
输入数据是含有fq.gz的目录，clean和raw都是可以的，自带质控程序。
最终结果为final-list_candidate-fusion-genes.txt文件，final-list_candidate-fusion-genes.caption.md.txt为readme文件。
可参照目录/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/miniconda/envs/fusioncatcher_1.33/test的文件

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