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======简介====== HPB流程原在NJ集群,现迁移至TJ集群,在迁移测试的过程中发现存在抓取结果不全的问题,现在对抓取结果脚本进行了重构。 ======功能====== 更新HPB抓取结果脚本 ======数据准备====== **1. HPB分析的输入文件:** 宏基因流程过程文件Dataclean.total.list;各分析点文件venn.list,venng.list,ter.list,ternaryg.list ======数据分析====== **1. HPB分析脚本:** <code> perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HPB_pepline_v2.0/bin/HPB_pipeline_v2.0.pl --infile Dataclean.total.list --shdir ./Shell --qopts="-q meta_ass.q" --coverage 75 --identity 90 --mismatch 1 --evalue 1e-20 --cover_ARG 40 --group group --top 30 --notrun --rinfo r.info --lefse lefse.list --venn venn.list --venng venng.list --ternary ter.list --ternaryg ternaryg.list --vs vs.list --db ARDB </code> **2. 抓取结果脚本:** <code> perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HPB_pepline_v2.0/lib/00.Commbin/get_result-cjw.pl --Group --indir /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/HPB-TEST --outdir /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/HPB-TEST/X101SC21102787-Z01-F013-B1-41_AHresult --shdir /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/HPB-TEST/Shell/detail/05.Getresult --db ARDB </code>
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· 最后更改: 2023/04/10 07:30 由
chenjiawei
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