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====== HUMANn3流程优化 ======

HUMANn3调用metaphlan4时失败，且metaphlan4会校验数据库是否是最新版，本次流程优化重装了HUMANn3和metaphlan4软件，并更新了metaphlan数据库。

===== 一、优化细节 =====
1.  HUMANn3软件版本升级到 v3.8
软件调用方法：source /TJPROJ1/META_ASS/soft/anaconda3/bin/activate humann3
    
2.  metaphlan数据库版本 mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212

===== 二、更新work.sh =====
测试路径：/TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23051450-Z01-meta-HUMANn3/X101SC23051450-Z01-F004/test

<code>
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/bin/humann3_pipeline_v1.0.pl \
 --input /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23051450-Z01-meta-HUMANn3/X101SC23051450-Z01-F004/test/Dataclean.total.list \
 --outdir output \
 --pathdb kegg-metacyc \
 --step 123 \
 --func go-ko-eggnog-pfam-level4ec \
 --group /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23051450-Z01-meta-HUMANn3/X101SC23051450-Z01-F004/test/group.list \
 --clear \
 --threads 50 \
 --uniref90 \
 --notrun

:<<"end"
#######readme#######
--clear		：用于删除humann3产生的临时文件
--threads	：调用humann3软件时的线程，酌情调整，越大越好
--uniref90	：指定蛋白库，官网推荐使用uniref90，humann3软件默认uniref90，不加该参数，本流程默认uniref50
end

</code>

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