售后

编辑本页后请点击“保存”。请参阅 syntax 了解维基语法。只有在您能改进该页面的前提下才编辑它。如果您想尝试一些东西，请先到 playground 热身。

====== iTOL：给系统发育树添枝加叶开花！ ======
iTOL（https://itol.embl.de/）也即Interaction Tree Of Life，是一个集系统发育树在线展示、注释与管理为一体的交互工具。绘图过程中可以随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体。iTOL最大的特点是可以同时展示不同的数据集，按照个性化的需求控制数据集的位置、大小和颜色，并允许导出高质量的位图和矢量图。

===== 1. table2itol：快速整合数据格式和配色方案 =====

R脚本：/TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/personal_demand/230908-00014-itol-tree/P101SC17041229-01-F003/tree-20230914/analysis_fun/iTOL/table2itol/table2itol.R

===== 2. 使用标准交付结果中的tree100进化树文件 =====

genus_100.tree

===== 3. 统计关于属top100的相关信息 =====

比如：属top100的总丰度，在各个样本中的丰度，所属的门等信息

===== 4. 用法示例 =====
测试路径：/TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/personal_demand/230908-00014-itol-tree/P101SC17041229-01-F003/tree-20230914/analysis_fun/iTOL

<code>
#给属添加门的标签背景色
cut -f 1,2  annotation.txt > phylum.list
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/R_env/bin/Rscript table2itol/table2itol.R \
   -a -c none -D anno_phylum -i genus -l genus -b phylum  -t %s -w 0.5 phylum.list

#在各个样本中的丰度热图
cut -f 1-8 annotation.txt > heatmap.list
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/R_env/bin/Rscript table2itol/table2itol.R \
   -c keep -D heatmap -i genus -b phylum  -t %s heatmap.list

#属柱形图
cut -f 1,2,9 annotation.txt > genus_sum.list
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/R_env/bin/Rscript table2itol/table2itol.R \
   -a -d -c none -D genus_sum -b phylum -i genus -l genus -t %s -w 0.5 genus_sum.list

#所属的门的丰度渐变色
cut -f 1,2,10 annotation.txt > phylum_sum.list
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/R_env/bin/Rscript table2itol/table2itol.R \
    -a -c double -D phylum_sum -i genus -l genus -t %s -w 0.5 phylum_sum.list
</code>
将生成的文件和配色方案导入itol网站中即可，该R脚本生成的颜色基于ggplot2的默认配色，颜色比较美观，也可在itol中自行调整。

===== 5. 最终展示效果 =====
{{ :pic.png?600 |}}

编辑摘要

当您选择开始编辑本页，即寓示你同意将你贡献的内容按下列许可协议发布： CC Attribution-Share Alike 4.0 International

售后

用户工具

站点工具

页面工具