跳至内容
售后
用户工具
登录
站点工具
搜索
工具
显示页面
修订记录
反向链接
最近更改
媒体管理器
网站地图
登录
>
最近更改
媒体管理器
网站地图
您的足迹:
kegg_基因数目统计图
编辑本页后请点击“保存”。请参阅
syntax
了解维基语法。只有在您能
改进
该页面的前提下才编辑它。如果您想尝试一些东西,请先到
playground
热身。
媒体文件
======简介====== meta分析流程中,注释到level1层级的基因数目统计图,默认是全部分组的,有客户需求按照分组去统计作图,现补充此部分。 主要思路是将全部分组的作图数据进行处理,得到各个分组的数据,带入流程进行作图。 ======功能====== 按照分组展示基因数目统计图。 ======数据准备====== **1. Unigenes.readsNum.even.xls,Unigenes.KEGG.anno.xls文件备份:** 由于需要将Unigenes.readsNum.even.xls,Unigenes.KEGG.anno.xls拷贝到当前路径进行备份,后续需要将这两个文件按照分组进行拆分。 <code> cp 03.GenePredict/GeneTable/Total/readsNum/Unigenes.readsNum.even.xls Unigenes.readsNum.even.xls-bak cp 05.FunctionAnnotation/KEGG/KEGG_stat/Unigenes.KEGG.anno.xls Unigenes.KEGG.anno.xls-bak </code> **2. 分组文件:** 按照分组配置group.list1,每一个组配置一个group.list,文件名后面添加数字/组名加以区分 **3. 各分组Unigenes.readsNum.even.xls,Unigenes.KEGG.anno.xls拆分文件:** <code> perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/KEGG/kegg-unigenesnum/temp.pl group.list1 Unigenes.readsNum.even.xls-bak </code> 此步骤会生成临时文件temp1.xls <code> perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/KEGG/kegg-unigenesnum/temp2.pl temp1.xls </code> 此步完成对Unigenes.readsNum.even.xls-bak文件的拆分,生成各分组的Unigenes.readsNum.even.xls <code> perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/META/KEGG/kegg-unigenesnum/temp3.pl Unigenes.KEGG.anno.xls-bak group.list1 </code> 此步完成对Unigenes.KEGG.anno.xls-bak文件的拆分,生成各分组的Unigenes.KEGG.anno.xls ======数据分析====== **1. GeneNums下的丰度文件生成:** <code> perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MetaGenome_pipeline/MetaGenome_pipeline_V5.1/lib/05.Function/lib/KEGG/bin/3.num.abun.pl --anno Unigenes.KEGG.anno.xls --table Unigenes.readsNum.even.xls --outdir 绝对路径/group1 --prefix Unigenes.absolute </code> **2. 分组基因数目统计图生成:** <code> awk -F "\t" '{print $1"\t"$2"\t"$3}' 绝对路径/group1/GeneNums/Unigenes.absolute.level2.xls | perl -ne 'next if $_=~/^Others\t/;print;'> 绝对路径/group1/DrawAnnotationPic.R.txt /PUBLIC/software/public/System/R-2.15.3/bin/Rscript /PUBLIC/software/MICRO/share/MetaGenome_pipeline/MetaGenome_pipeline_V5.1/lib/05.Function/lib/KEGG/bin/9.DrawAnnotationPic.R 绝对路径/group1/DrawAnnotationPic.R.txt 绝对路径/group1/kegg.unigenes.num /usr/bin/convert -density 150 绝对路径/group1/kegg.unigenes.num.pdf 绝对路径/group1/kegg.unigenes.num.png </code> 注:示例以一个组为例,多个分组需要多次分析。
保存
预览
取消
编辑摘要
当您选择开始编辑本页,即寓示你同意将你贡献的内容按下列许可协议发布:
CC Attribution-Share Alike 4.0 International
kegg_基因数目统计图.txt
· 最后更改: 2022/09/11 08:49 由
chenjiawei
页面工具
显示页面
修订记录
反向链接
回到顶部