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kobas富集无结果
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====kobas富集结果为空文件===== kobas 3.0富集结果为空，文件中有表头，但是没有一个通路有富集结果。如下图： {{zhangxin:kobas空结果.png}} 如果排除因gene注释问题，导致的无结果，可以考虑是否物种db文件中GeneEntrezGeneIds表为空，检验方法如下 sqlite3 *db .table #查看有哪些表，主要关注GeneEntrezGeneIds GeneRefSeqProteinIds GeneUniprotkbAcs GeneEnsemblGeneIds select * from GeneEntrezGeneIds; #查看是否有输出，确认这个4个表中哪个为由内容的表 通过上述方法找到有内容的表后，如最终确认GeneEntrezGeneIds中无内容，则更改注释文件中第二行，默认如图 {{zhangxin:kobas默认表头.png}} 如果会从GeneEntrezGeneIds表中找，如果为空，则可能会导致无结果。 使用db中的表与注释文件表头的对应关系为 ^##Method: ID mapping (entrez_gene_id)|GeneEntrezGeneIds| ^##Method: ID mapping (refseq_protein_id)|GeneRefSeqProteinIds| ^##Method: ID mapping (uniprotkb_ac)|GeneUniprotkbAcs| ^##Method: ID mapping (ensembl_gene_id)|GeneEnsemblGeneIds| ^非##Method: ID mapping (*)格式,如上图|GeneEntrezGeneIds| 选择合适的表头，在进行富集即可。
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kobas富集无结果.txt
· 最后更改: 2024/03/14 02:20 由
zhangxin
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