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======使用linkET绘制相关性+mantel检验组合图====== =====简介===== 本页直接使用了老师提供的相关性矩阵和mantel检验的结果。 {{ :heatmap.txt |}} {{ :network.txt |}} 如果没有这两个文件,可参考[[https://github.com/Hy4m/linkET]] <code bash> 数据样式可参考 library(vegan) data("varechem", package = "vegan") data("varespec", package = "vegan") </code> ====linkET下载安装==== <code bash> install.packages("devtools") library(devtools) devtools::install_github("Hy4m/linkET", force = TRUE) packageVersion("linkET") </code> ====绘图==== <code bash> setwd("/Users/l_l_/Desktop") dh<-read.table("heatmap.txt",header = T,row.names = 1) dn<-read.table("network.txt",header = T,sep='\t') library(ggplot2) library(linkET) #热图部分 p <- qcorrplot(as.matrix(dh), type = "upper", diag = FALSE, grid_size = 0.25)+ geom_square() + #网络部分 geom_couple(aes(colour = pd, size = rd), data = dn, curvature = nice_curvature(), label.size = 3)+ scale_fill_gradientn(colours = RColorBrewer::brewer.pal(11, "RdBu")) + scale_size_manual(values = c(0.5, 1, 2)) + scale_colour_manual(values = color_pal(3)) + #图例 guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r", override.aes = list(colour = "grey35"), order = 2), colour = guide_legend(title = "Mantel's p", override.aes = list(size = 3), order = 1), fill = guide_colorbar(title = "Pearson's r", order = 3)) ggsave("linKET.png",p,dpi = 1000) ggsave('linkET.pdf',p,dpi = 1000) </code> ====结果==== {{ ::linket.pdf |}}
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· 最后更改: 2023/03/22 08:33 由
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