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====lnc分类==== 脚本路径:/TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/lnc_class.py <mRNA.gtf> <lnc.gtf> lnc结果文件中,会有mRNA和lnc的gtf文件,将Known和Novel合并,然后运行该脚本。 判定规则如下: Antisense lncRNAs 是该lnc的反义链是mRNA exon区域 Intergenic lncRNAs 是该lnc位于mRNA gene间区 Sense Intron lncRNAs 是该lnc位于mRNA gene的内含子区域 Divergent lncRNAs 是除了上述3种以外的情况 Divergent lncRNAs 还可以细分,需要与老师沟通判定规则;该方法与流程中Novel的分类方法,结果并非一致,需要提前与老师沟通,告知该脚本的分类规则。 脚本路径:/TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/lnc_class_v1.py <mRNA.gtf> <lnc.gtf> <outfile> 判定规则如下: 与上个版本最大的不同是根据mRNA gene的起始终止位置来判定 Antisense lncRNAs 是该lnc的反义链是mRNA,(以gene的起始终止计算) Intergenic lncRNAs 是该lnc位于mRNA gene间区 Sense Intron lncRNAs 是该lnc位于mRNA gene的内含子区域 Sense lncRNAs 是该lnc位于mRNA 内部,(以gene的起始终止计算) Bidirectional lncRNAs 是该lnc 与正义链和反义链mRNA有交集,(以gene的起始终止计算) Sense overlapping 是该lnc 与正义链mRNA有交集,(以gene的起始终止计算) Antisense overlapping 是该lnc 与反义链mRNA有交集,(以gene的起始终止计算) Other lncRNAs 是除了上述以外的情况
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· 最后更改: 2024/06/14 09:04 由
zhangxin
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