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lnc_magic更新日志
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=====lnc_magic更新日志===== 2022年8月29日，lnc流程，依据project.ini中的r_verson=r_3.5.0，确定差异分析的脚本，根据go_obo_version=clusterprofile和kobas_db_version=clusterprofile，确定富集软件。并向1.diff文件夹中加入genes.readcount.xls、transcripts.readcount.xls、anno_genes.FPKM.xls、 anno_transcripts.FPKM.xls 4个文件。 2022年5月18日，测试lnc magic mRNA差异分析，发现流程中使用gene readcount文件，magic中只有mRNA_gene_readcount.xls，让项目组将genes.readcount.xls和genes.FPKM.xls加入到1.diff中。 2022年5月15日，测试lnc magic go富集，发现2.go中go.txt与项目相比少了新基因的注释，genelength中为gene最长转录本长度，项目中的则是gene全长，需要保持一致，周一需与项目组沟通。kegg中已上传项目中kobas_blast.xml，如果没有则比对，项目中参考基因组使用/PUBLIC/software/public/Alignment/ncbi-blast-2.2.28+/bin/blastx比对，新基因则使用/PUBLIC/software/RNA/Diamond/diamond_v0.8.22/diamond比对，如需复原可能要使用这个两个软件生成xml文件。 2022年5月12日，测试lnc magic 差异p值以及padj值在小数点后10位起不一致，导致原因为处理组样本顺序不一致，脚本没有问题，可以复现。 2022年5月11日，测试lnc magic 差异以及一键差异富集与项目流程结果一致性
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lnc_magic更新日志.txt
· 最后更改: 2022/08/29 08:07 由
zhangxin
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