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======miRNA靶向预测======
=====简介=====
动物支持miRanda，RNAhybrid，targetscan,PITA四款软件的靶向预测，其中可修改miRanda，RNAhybrid的参数。

植物支持psRobot,targetfinder两款软件

脚本路径：
/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/target/Target

=====参数说明=====
<code bash>
python /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/target/Target --help
usage: Target [opthions] [value]

This program is used to generate scripts for Target in smallRNA

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --mature MATURE       mature.fa                                              必填，老师提供的或项目中的miRNA成熟体序列。
  --refRNA REFRNA       for animal use 3utr.fa;for plant use transcript.fa     动物3utr.fa或植物transcript.fa
  --gtf GTF             exon.gtf                                               必填，exon.gtf 
  --mRNA MRNA           mRNA.transcript.fa                                     如果没有--refRNA，可提供mRNA.transcript.fa提取3utr序列
  --genename GENENAME   genenamefile                                           必填，genenamefile.txt(三列gene_id\tgene_name\tgene_description)
  --split SPLIT         number of split mature.fa, default is 30
  --outdir OUTDIR       the outdir
  --organ ORGAN         animal or plant
  --software SOFTWARE   software(animal:miRanda,RNAhybrid,targetscan,PITA;plan  
                        t:psRobot,targetfinder) and parameter,eg
                        miRanda:140,-7_RNAhybrid:-7,0.05,default animal:miRand
                        a:140,-10_RNAhybrid:-10,0.05,plant:psRobot
  --type {3utr_fly,3utr_worm,3utr_human}
                        necessary for RNAhybrid                                 RNAhybrid的必要参数，根据物种选择
  --model {human,mouse,fly,worm,fish}
                        necessary for targetscan                                targetscan的必要参数

重要： 
参数--software的填写
格式：miRanda:140,-7_RNAhybrid:-7,0.05，软件间用'_'分割，软件名和软件参数用':'分割，不同参数用','分割。
目前能修改参数的仅miRanda（-sc，-en）和RNAhybrid（-e，-p）
如果需要多款软件，eg，miRanda:140,-7_RNAhybrid:-7,0.05_targetscan_PITA
</code>

====使用====
<code bash>

--organ animal
step1
填写参数，运行后，在{outdir}/log中生成分析脚本。
step2
sh runtarget.sh            #除targetscan外的软件，运行后会将mature.fa拆分，并投递拆分后的各软件的运行脚本，三款软件都运行完成后，需要sh {outdir}/Common/common_target.sh
sh targetscan_pre.sh       #targetscan软件，运行后会投递targetscan.sh脚本，运行完成后需要sh {outdir}/targetscan/result.sh
step3
sh {outdir}/log/anno_target.sh     #添加靶向的geneid，靶向gene的注释
--organ plant
step1
填写参数，运行后，在{outdir}/log中生成分析脚本。
step2
sh plant_targer_generate.sh        #根据选择的software生成分析脚本
step3
投递Target.targetfinder.sh或者psRobot.targetfinder.sh

</code>

====测试路径====
/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/target/test

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