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======MitoFish database简介====== MitoFish 是一个专门的鱼类数据库,旨在收集和提供有关鱼类线粒体基因组的详细信息。这个数据库对于鱼类遗传学研究、进化生物学、系统发育分析和物种鉴定等领域有很大作用。 更新原因:客户需求使用指定数据库链接下的最新数据库进行扩增子物种注释,但是我们的鱼类数据库很久未更新了。 官网截图 {{:mitofish.png?200|}} ======功能====== 更新整理了MitoFish database,可用于扩增子分析 ======更新方法====== **1. 到官网下载数据库压缩包:** MitoFish database下载网址如下: <code> https://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/download/ </code> **2. 对数据库文件解压缩,并使用拆分脚本将其拆分为序列和注释文件:** 由于下载的序列文件名称只包含两个层级的注释信息,所以使用旧数据库的完整注释信息对其进行校正,以获得完整的物种注释信息。 <code> perl final.pl mifish.complete_partial_mitogenomes.txt.ori mito-all mifish.complete_partial_mitogenomes.txt mifish.complete_partial_mitogenomes.fasta out.xls </code> **3. 训练为qiime2可用qza格式:** <code> # 训练特征分类器Training-feature-classifiers source /TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/qiime2_202202/activate.sh # 导入参考序列,7s time qiime tools import \ --type 'FeatureData[Sequence]' \ --input-path mifish.complete_partial_mitogenomes.fasta \ --output-path mifish.qza time qiime tools import \ --type 'FeatureData[Taxonomy]' \ --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \ --input-path mifish.complete_partial_mitogenomes.txt \ --output-path taxonomy.qza time qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ --i-reference-reads mifish.qza \ --i-reference-taxonomy taxonomy.qza \ --o-classifier mifish_classifier.qza </code> 数据库路径: <code> /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/database/mifish/mifish-3.96-20231208 </code> 测试路径 <code> /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/X101SC23102247-Z01/X101SC23102247-Z01-F001/cfx-20231219 </code>
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· 最后更改: 2024/04/15 05:49 由
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