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pca分析
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======简介====== 群体结构中的PCA分析 ======功能====== 进行PCA分群; ======脚本使用====== **1. 配置文件:** <code> 文件夹中需要准备好文件: 1号染色体的vcf及索引文件; 全部染色体的vcf文件及索引文件; (备注:注意染色体是否有chr,及需要过滤等位基因情况:vcftools --gzvcf all.snp.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --max-alleles 2 --min-alleles 2 --stdout | gzip > snp.merged.vcf.gz) 配置脚本: python IBD_PCA.plot.py --vcf snp.merged.vcf.gz --out all.snp </code> 运行脚本: <code> /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/03.CANCER/WES.P101SC18111642-01.hebing.gvcf.20230130/PCA/pca_IBD.sh qsub 投递 </code> ======交付结果====== all.snp.pca.pdf 示例路径: /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/03.CANCER/WES.P101SC18111642-01.hebing.gvcf.20230130/PCA
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· 最后更改: 2023/03/22 06:23 由
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