跳至内容
售后
用户工具
登录
站点工具
搜索
工具
显示页面
修订记录
反向链接
最近更改
媒体管理器
网站地图
登录
>
最近更改
媒体管理器
网站地图
您的足迹:
picrust2
编辑本页后请点击“保存”。请参阅
syntax
了解维基语法。只有在您能
改进
该页面的前提下才编辑它。如果您想尝试一些东西,请先到
playground
热身。
媒体文件
======picrust2可视化柱形图,热图,ttest显示详细功能名称====== 现有流程中picrust2各可视化分析(柱形图,热图和ttest)均使用各功能代号进行绘图,有客户要求使用description :function这种形式进行展示 现修改了流程步骤以实现需求如下: ======准备工作====== **1. 移动到主分析路径:** <code> cd 重分析主目录下 </code> ======运行步骤====== **1. 备份picrust2分析原表格+生成功能名称改动后的表格:** <code> sh /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2-new/picrust2/detail/beifen.sh </code> **2. 备份原分析log文件+生成新log:** <code> sh /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2-new/picrust2/detail/job.sh </code> 注:需要将job.sh中的分期号,替换为该次分析的分期号 **3. 重新投递重分析的job:** <code> cd /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/X101SC21061533-Z01/X101SC21061533-Z01-F010/picrust2-20240426/log SOFT=/PUBLIC/software/public export LD_LIBRARY_PATH=$SOFT/System/pcre/lib:$SOFT/System/boost_1_55_0/lib:/opt/gridengine/lib/lx-amd64:/opt/openmpi/lib /PUBLIC/software/public/System/sjm-1.2.0/bin/sjm X101SC21061533-Z01-F010_Analysis.job </code> **4. 对于KO层级ttest的特殊处理:** 注:由于KO 的ttest名称不全,属于特殊情况,需要等待上述三步跑完之后,最后处理该部分, 具体方法:需要将functionPrediction/picrust2/KO_metagenome_out/tables/sample/picrust2.sample.KO.relative.xls中分号改逗号,再重新分析该步 流程测试路径: <code> /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/X101SC21061533-Z01/X101SC21061533-Z01-F010/picrust2-20240426 </code>
保存
预览
取消
编辑摘要
当您选择开始编辑本页,即寓示你同意将你贡献的内容按下列许可协议发布:
CC Attribution-Share Alike 4.0 International
picrust2.txt
· 最后更改: 2024/05/06 06:56 由
chenjiawei
页面工具
显示页面
修订记录
反向链接
回到顶部