售后

编辑本页后请点击“保存”。请参阅 syntax 了解维基语法。只有在您能改进该页面的前提下才编辑它。如果您想尝试一些东西，请先到 playground 热身。

====== 需要配置的文件 ======
picrust2ko预测结果中level2层级的绝对丰度表:
      - 如果存在分析路径，即为functionPrediction/picrust2/KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz
      - 如果是交付路径，即为functionPrediction/functionResult/picrust2/predicted/KO_metagenome_descrip.tsv，需要删除第二列注释信息，按照第三步脚本处理
      - 删除压缩脚本为 awk 'BEGIN {FS="\t"; OFS="\t"} { $2=""; sub("\t\t", "\t"); print $0 }' KO_metagenome_descrip.tsv | gzip > pred_metagenome_unstrat.tsv.gz 
样本信息：sample.list

分组信息：group.list

韦恩图分组信息：venn_group.list

组间物种差异性分组信息：vs_group.list
====== 主脚本 ======
<code>
''/TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/bin/picrust2.py''
</code>
====== 运行脚本 ======
复制修改''/TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/work.sh''下的配置文件路径（可以添加柱状图展示个数-bar_top参数和热图展示个数-heat_top参数）直接sh运行，刷出输出路径的log目录,会提示已创建修改权限：change_mod.sh，请优先运行修改权限脚本。
<code>
sh change_mod.sh
</code>
进入log，运行toudi.sh即可跑完全部分层级和可视化步骤
<code>
''/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/bin/picrust2.py \
  -i /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz \
  -o /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/Picrust2/test \
  -sl /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/sample.list \
  -gl /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/group1.list \
  -vs /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/venn_group1.list \
  -tl /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/script/picrust2_level/vs_group1.list''
</code>

编辑摘要

当您选择开始编辑本页，即寓示你同意将你贡献的内容按下列许可协议发布： CC Attribution-Share Alike 4.0 International

售后

用户工具

站点工具

页面工具