跳至内容
售后
用户工具
登录
站点工具
搜索
工具
显示页面
修订记录
反向链接
最近更改
媒体管理器
网站地图
登录
>
最近更改
媒体管理器
网站地图
您的足迹:
pipline
编辑本页后请点击“保存”。请参阅
syntax
了解维基语法。只有在您能
改进
该页面的前提下才编辑它。如果您想尝试一些东西,请先到
playground
热身。
媒体文件
======简介====== 群体进化分析 ======功能====== 群体进化分析,原流程投递节点方式已经固定,售后人员无法使用 ======数据准备====== 原始数据,参考基因组信息,分组信息 ======数据分析====== 脚本示例 : vcftools --vcf 20F.vcf --TajimaD 500000 –step 250000--out TajimaD <code> #/TJPROJ10/CCX/Share/Pipeline/Population/test/test_pipe/ #python /TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_PAG/Pop_evolution/pop_pipeline.py /TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_PAG/Pop_evolution/目录下,分析的每一步投递都默认为afsreseq.q 和all.q python /TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/PopEvolution_pip/pop_pipeline.py \ --out_dir `pwd` \ --pre goose \ --ref /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/ref/goose.assembly.fasta \ --len_ 1113841873 \ --project_id X101SC22125155-Z01-J001 \ --queue afsreseq.q \ --gff /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/ref/goose.gene.gff \ --pop /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/group.list \ --chrlist /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/ref/chr.list \ --steps 1234567 \ --bwa_type rmdup \ --keggspecies ath \ --gap 1 \ --U 5.27e-09 \ --psmcpop "-a SC-2,SC-1 -a SD-2,SD-1" \ --grouplist /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/group.list \ --groupname /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/all.group \ --cleanlist /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/all.clean.list \ --raw_lst /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/07.PopEvolution/X101SC22125155-Z01-J001_ROH/raw.list </code> #流程每个分析点都很独立,调用的软件及分析节点不同,--queue 参数指定的节点只有qc一部,其余分析都已经写死在每一步的投递脚本中, #因交付和售后没有公共节点,且无法添加新的节点,造成售后使用及其不方便,整套流程迁移
保存
预览
取消
编辑摘要
当您选择开始编辑本页,即寓示你同意将你贡献的内容按下列许可协议发布:
CC Attribution-Share Alike 4.0 International
pipline.txt
· 最后更改: 2023/07/09 09:29 由
hongxiang
页面工具
显示页面
修订记录
反向链接
回到顶部