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==== qiime2新流程 ==== === pcoa: === 加权、非加权unifrac距离、jd距离、bc距离 使用qiime2软件, qiime2插件:qiime diversity core-metrics-phylogenetic 初始输入文件: rooted-tree.qza(树文件:仅在计算加权、非加权unifrac距离的时候用到,qza是qiime2专用格式) featureTable.sample.total.even.qza(均一化后的绝对丰度表:qza是qiime2专用格式) 获得四种距离的pcoa结果 使用R脚本根据pc1和pc2绘图 交付的结果中有pc1和pc2的数据 === pca: === 输入文件:相对丰度表 使用R包ade4包进行主成分分析,ggplot2绘图 === NMDS: === 输入文件:使用qiime2的四种距离结果,使用vegan包获得NMDS结果,ggplot2绘图
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· 最后更改: 2023/06/16 03:22 由
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