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======qiime2 network边点文件提取====== qiime2流程的network,我们只交付了过滤前的边点文件,现有老师需求交付用于绘图的边点文件,且可以直接导入到Gephi软件中,现编写了相关脚本可以直接提取边点文件。 相关流程步骤如下: ======准备工作====== **1. 将首次分析的中间文件拷贝到当前目录(如果涉及大量样本,需要写脚本批量处理)** 包括以下几个文件: <code> genus.network.dot #绘图文件 genus.spearman.index.list #边文件 genus.detail.xls #点文件的前置文件 </code> ======运行步骤====== **1. 生成边文件:** <code> perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2-new/network/shaixuan.pl \ genus.network.dot \ ###输入绘图文件 genus.spearman.index.list \ ###输入原交付的边文件 edge.xls \ ###输出新生成的边文件 node.ori.xls \ ###输出新生成的点文件前置文件 total.xls ###输出正负边比例 </code> **2. 生成点文件:** <code> perl /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2-new/network/node.pl \ genus.detail.xls \ ###输入原点文件的前置文件 node.ori.xls \ ###输入新生成的点文件前置文件 node.xls ###输出新生成的点文件 </code> 测试路径: <code> /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenjiawei/X101SC22043097-Z01/X101SC22043097-Z01-J165/network-20240426 </code>
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· 最后更改: 2024/05/06 10:38 由
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