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resfinder耐药基因数据库注释
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=====ResFinder耐药基因数据库注释===== ResFinder在测序的细菌分离株中鉴定获得性抗微生物耐药基因。github网站:https://github.com/cadms/resfinder/ 输入数据为fasta格式gene序列,软件安装路径/TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/annotation/resfinder_4.1.11/bin/run_resfinder.py 使用命令: /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/annotation/resfinder_4.1.11/bin/run_resfinder.py -o path/to/outdir -s "Escherichia coli" -l 0.6 -t 0.8 --acquired --point -ifq test_isolate_01_* 测试路径: /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/annotation/resfinder_4.1.11/bin/tests/running_test/test1 测试结果: /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/annotation/resfinder_4.1.11/bin/tests/running_test/test1/resfinder_result.zip 表头注释 Database:耐药类型 Resistance gene:耐药基因 Identity:相似度 Query/Template length:比对序列与模板序列长度 Contig:序列来源contig Position in contig:在contig具体位置 Predicted phenotype:预测表型 Accession number:Accession号
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resfinder耐药基因数据库注释.txt
· 最后更改: 2023/10/16 03:57 由
zhangxin
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