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======简介====== RSD(Relative SNP/SNV Density)分析是一种针对个体样本的 SNP 差异分析手段,可 用于筛选个体特异的选择区段。 ======数据准备====== 1)基因型文件:包含且仅包含用于 RSD 分析的所有样品基因型信息,无头行,标准 基因型文件格式(前三列分别为:染色体、位置、Ref;随后为样品基因型;列之间以 tab 分隔)。 2)sample 文件:包含样品名称,单列,顺序需与基因型文件顺序一致。 3)cfg 文件:其中包含参考基因组 fai 文件,主要提供染色体长度信息;RSD 分析脚 本。请注意保证 cfg 文件“=”前的名称不变,只需要根据自己的需求修改 fai 文件的绝对路 径 和 名 称 。 ======数据分析====== 脚本示例 : /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/QunTiJinHua_afssale/RSD_RelativeSNPSNVDensity/rsd_major.sh <code> python /TJPROJ6/CCX/Share/PopEvolution/RSD/00.bin/RSD_pipline.V1.py \ --input /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/QunTiJinHua_afssale/RSD_RelativeSNPSNVDensity/geneytpe_example \ --cfg /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/QunTiJinHua_afssale/RSD_RelativeSNPSNVDensity/Config \ --sample /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/QunTiJinHua_afssale/RSD_RelativeSNPSNVDensity/sample_example \ --win 10000 \ --cutoff 10 \ --shuffle 100000 \ --name ninanjie # 针对个体样本的 SNP 差异分析手段,可用于筛选个体特异的选择区段 # --input </code>
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