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====== 通过snp序列获得snp距离矩阵 ====== ===== 一、需求说明 ===== 如题所示 ===== 二、实现方式 ===== 1.首先通过snp_matrix2mfa.pl脚本将各个样本的snp结果转换为fa格式的序列文件 {{::snp.png?400|}} 转化为 {{:snp.fa.png?400|}} 2.执行 /TJPROJ6/RNA_SH/software/conda/conda/envs/snp-dists_0_8/bin/snp-dists snp.mfa > distances.tab 获得snp距离矩阵 {{::snp_dist.png?400|}} 3.如需要获得下三角矩阵,可以使用路径下deal.py脚本 ===== 三、测试路径 ===== <code> /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/Resistance_Sniffer/snp-dists_0_8 </code>
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· 最后更改: 2023/04/10 08:38 由
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