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======简介====== 标准ED法 ======数据准备====== 1 参考基因组及索引 2 准备gff3和功能注释文件。 格式例如/TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/new_Brara_Chiifu_V3.5.gff ======数据分析====== 脚本示例 : /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/BSA_afssale/standard_GPS/standard_GPS_major.sh <code> perl /TJPROJ10/CCX/Share/Pipeline/GPS/GPS/createGPSPipeLineShellv1.pl \ -cfg rawData.info \ -fa /TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/Brara_Chiifu_V3.5.fa \ -faUrl http://39.100.233.196:82/download_genome/Brassica_Genome_data/Brara_Chiifu_V3.5/Brara_Chiifu_V3.5.fa.gz \ -gff /TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/new_Brara_Chiifu_V3.5.gff \ -anno /TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/gene.genenames \ -projID X101SC22101493-Z01 \ -outDir ./anlasis \ -p1 NHCC076_F \ -p2 NHCC049_M \ -pool HC1,HC2,HC3 \ -appPathFile /TJPROJ10/CCX/Share/Pipeline/GPS/GPS/appPath.info \ -split NO \ -projname 都市研究所5个样本BSA测序分析技术服务(委托)合同 \ -chrnum 10 </code>
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